“地下鉄不審車両暴走事件”から2ヶ月後の2005年2月、新宿で起きた殺人事件の捜査本部長を務めていた警視庁管理官・室井慎次が、“特別公務員暴行陵虐罪の共謀共同正犯”の容疑で逮捕された。被疑者として取り調べを受けていた警官・神村が逃走途中に車で撥ねられ死亡したことから、捜査の過程で過剰な暴力行為があったとして、神村の母親が刑事告訴したのだ。だがその陰には、警察の不正を暴こうと意気込むやり手の弁護士・灰島の姿があった。大学時代の恋人自殺という室井の辛い過去を抉り出し、追及の手を緩めない灰島に対し、新城の根回しで一旦は釈放された室井は、停職処分になりながらも、沖田警部捜査一課管理官が手配した若き弁護士・小原久美子や、室井の事件解決への真摯な姿勢に賛同した新宿北署の工藤を始めとした刑事たちの力を借りて、真犯人の捜査に乗り出す。だが、灰島の邪魔立てや警視庁と警察庁の権力闘争の中、捜査は思うように進まない。やがて、捜査線上にひとりの女が浮かび上がった。桜井杏子。彼女こそ、三角関係のもつれから黒木殺害を石本というチンピラに依頼した事件の真犯人で、神村は彼女を庇おうとして黙秘を続けていたことが杏子自身の供述などにより判明した。かくして、事件は解決。灰島も告訴を取り下げ、辞職を覚悟した室井にも新城の独断で広島県警への異動が命じられるのであった。