雨の夜、中野東署管内で男の死体が見つかり、警視庁捜査一課・姫川玲子（竹内結子）のもとに、入院中の上司・今泉（高嶋政宏）から連絡が入る。被害者は29歳の小林充（金子ノブアキ）という男性。龍崎組傘下“仁勇会”の下部組織“六龍会”の構成員だった。体中の多数の刺し傷、縦に切り裂かれた左目という犯行方法が、5日前に起きた三鷹の殺人事件、3日前の業平橋の殺人事件と一致。連続殺人事件と見た警察は、姫川班の管轄である中野東署に合同特別捜査本部を設置。三鷹、業平橋との合同捜査となる。姫川班の他、玲子のライバル・日下（遠藤憲一）、組対四課、昇任で異動したはずの井岡（生瀬勝久）など捜査員たちが次々と会議室に集まる。各事件の被害者がすべて広域指定暴力団・龍崎組の構成員だったため、事件は内部抗争の可能性が高いとされた。会議終了後、玲子は偶然“小林充を殺したのは柳井健斗（染谷将太）”という不審なタレコミを受ける。3つの事件は果たして連続殺人事件なのか？玲子の頭を疑問がよぎるが、管理官の橋爪（渡辺いっけい）からは、“捜査線上に柳井健斗の名前が出てきても一切触れるな”という命令が下る。納得できない玲子は、姫川班と井岡を部下の菊田（西島秀俊）に託し、単独捜査を開始。菊田は石倉（宇梶剛志）、葉山（小出恵介）、湯田（丸山隆平）ら姫川班のメンバーとともに玲子の単独行動をサポートする。やがて玲子が辿り着いたのは、柳井健斗の家族を襲った9年前の悲しい事件。数日後、玲子は柳井の知り合いで成稜不動産の営業部長を名乗るマキタ（大沢たかお）という男に出会う。だが、その正体は龍崎組若頭補佐・極清会会長の牧田勲。連続殺人事件の渦中の人物だった。この出会いが玲子の人生を大きく変えてゆくことになる。一方、複雑に絡まった一連の事件は、警察の威信を揺るがし、捜査は思いがけない方向へ……。辿り着いた真実の先に玲子が見たものとは……？