谷袋警察署交番勤務の巡査・菊川玲二(生田斗真)は、人一倍正義感が強いものの、警察学校を史上最低の点数で卒業、巡査になってからも始末書ばかり書かされる日々を送っていた。そんなある日、玲二は署長の酒見(吹越満)に呼び出され、突然クビを言い渡される。驚く玲二だったが、実は表向きは懲戒免職という形をとりながら犯罪組織に潜入してターゲットを挙げる潜入捜査官、通称“モグラ”となり、合成麻薬MDMAの密売ルートを暴けという命令だった。そのターゲットは関東一の広域暴力団・数寄矢会組長、轟周宝(岩城滉一)。数寄矢会は、関東一円を地盤とする武闘派暴力団組織で、組員は8000人といわれていた。覚悟を決めて闇カジノ“虎ジャガー”に潜り込んだ玲二は、ひょんなことから数寄矢会傘下・阿湖義組の若頭“クレイジーパピヨン”こと日浦匡也(堤真一)に気に入られ、とんとん拍子に組長の阿湖(大杉漣)と親子盃の義を取り交わすことになる。しかし、渦巻く数寄矢会内部での権力闘争、そして関東進出を狙う日本最大の暴力団組織・蜂乃巣会との抗争も勃発し、玲二は次から次へとピンチに陥る。果たして、玲二は無事に轟周宝を挙げ、モグラとしての任務を果たすことができるのか……。