北海道・根室にゴジラが出現した。現場にいたゴジラ予知ネット（ＧＰＮ）を主催する篠田と小学生の娘・イオ、そして取材で同行していた雑誌『オーパーツ』の記者・由紀は、間近に見たゴジラに人間の作り出すエネルギーに対する憎悪を感じるが、果たしてゴジラは根室近郊に建つ巨大発電所を破壊する。同じ頃、茨木県沖の日本海溝では巨大な岩塊が発見されていた。危機管理情報局（ＣＣＩ）の内閣官房副長官である片桐は、科学者・宮坂を使って調査に乗り出すが、それは6千万年から7千万年前に地球に飛来したＵＦＯだったことが判明する。ところがその時、東海村の原発を狙って再びゴジラが現れる。しかも、ゴジラに向かってＵＦＯが飛行を開始。対峙したゴジラとＵＦＯは一戦交えるが、互いの力は五分と五分。ゴジラは海中に飛ばされ、ＵＦＯも墜落してしまう。しかし、先に蘇ったのはＵＦＯだった。その後、新宿に飛んだＵＦＯは由紀の会社のあるシティ・タワーの屋上に到着する。地球を侵略すべくコンピューター・ネットに侵入し、地球改造計画を開始する。だが、そこへ復讐に燃えるゴジラが登場した。壮絶なバトルが再び展開され、ゴジラはＵＦＯを叩き壊すが、その残骸からゴジラの細胞組織であるオルガナイザーＧ1を吸収した怪獣オルガが出現する。またもやオルガと激しく戦い、みごとオルガを倒すゴジラ。しかし、ゴジラの人間に対する攻撃は終わっていなかった。高層ビルが林立する新宿で暴れ回るゴジラを止められるものは、もはや誰もいない。