AD1545年、時は戦乱の世。戦国大名・東郷秀信に仕え、天下統一の為のミッションを忠実にこなしてきた影一族と呼ばれる、白影率いる忍者集団の元に新たなミッションが下った。それは、京極城の地下に眠る新式兵器を偵察するというもの。早速、地球外金属で作った武器と防具で身を固め、数々の不思議な忍術を使って城に忍び込む赤影、青影、飛鳥の3人。だが、待ち構えていた根来忍者たちとのバトルは壮絶を極め、飛鳥が命を落とし、青影もまた精神的ショックから一族を離れてしまう。一方その頃、京極城では城主・兼光の謎の死をきっかけに、たったひとりの後継者である孫娘・琴姫が男子として国を統治することを決めていた。しかし、それを面白く思わない者がいた。家老の竹之内である。兼光を毒殺し、お家乗っ取りを企む彼は、根来忍者を使って琴姫暗殺を遂行。ところが、彼女を竹之内の魔手から救ったのは、東郷の命でやはり彼女の命を狙っていた赤影だった。思わぬハプニングから、忍者としての掟を破ってしまった赤影。更に、竹之内が琴姫派の家臣たちの抹殺計画を企てていることを掴んだ彼は、独自の判断により竹之内の計画を阻止すべく、そして飛鳥の仇を討る為に、後に合流した青影と力を合わせ竹之内とのバトルを展開する。しかし、竹之内の謀反を防ぐことに成功しこそすれ、今や忍者として失格の赤影はそれを辞める決心をし、新しい人生へ旅立つのであった。