人情に厚く、春風のように穏やかで、礼節を重んじる好青年の坂崎磐音（松坂桃李）は剣の達人ではあるが、日向ぼっこで居眠りする老猫のような剣術で、眠っているのか起きているのかわからないことから“居眠り剣法”と呼ばれていた。磐音と幼馴染の小林琴平（柄本佑）、河井慎之輔（杉野遥亮）は江戸勤番を終え、三年振りに故郷である九州・豊後関前藩に戻る。琴平の妹・舞は慎之輔に嫁ぎ、磐音も琴平と舞の妹・奈緒（芳根京子）と祝言を控えていた。ところが、磐音と奈緒の祝言の運びになったとき、舞が不貞を犯したという噂を聞いた慎之輔が、舞を斬ってしまう。それに激昂した琴平は噂を慎之輔に吹き込んだ人物と慎之輔を斬る。琴平は罰せられることとなり、磐音が琴平を討ち取るよう命じられる。琴平を討ち取った磐音は、実の兄を殺した以上、奈緒とは一緒になれないと、彼女を残して脱藩する。すべてを失い、浪人の身となった磐音は江戸の長屋で暮らすようになるが、収入源がなく家賃の支払いも滞ってしまう。見かねた大家・金兵衛（中村梅雀）の紹介で、昼は鰻屋の鰻割き、夜は両替商・今津屋の用心棒として働き始める。穏やかで優しいが剣の腕は立つ磐音は、次第に周囲の人々から頼られる存在になり、今津屋の女中で金兵衛の娘・おこん（木村文乃）からも好意を持たれるようになる。そんな折、今津屋は幕府が流通させた新貨幣をめぐる陰謀に巻き込まれ、磐音は用心棒として悪に立ち向かう……。