7年前、イギリスで起きた日本領事館関係者集団毒殺事件。当時、その唯一の生き残りだった少女が国際犯罪組織によって誘拐されたが、駐英大使と日本政府は高度な政治的判断によって、その誘拐事件を闇に葬っていた……。それから7年。国際犯罪組織バーズのリーダー＝レイブンを長年追ってきた国連犯罪情報事務局元理事のマーク・リュウ(鹿賀丈史)が、日本にレイブンが潜伏しているという情報を得て香港から来日。警視庁特命係の杉下右京(水谷豊)と冠城亘(反町隆史)は、社美彌子(仲間由紀恵)からの指示で、案内役としてリュウに同行する。その矢先、リュウの部下が「天谷克則という男を調べてくれ」というメッセージを残し、首に黒い羽のタトゥーを入れた“黒衣の男”(北村一輝)に殺害される。外務省のホームページをハッキングした犯行グループは、7年前に誘拐した少女・鷺沢瑛里佳(山口まゆ)の現在の姿を動画で公開。「7年前、日本政府は我々の要求を無視した。今回拒否すれば、大勢の人々が見守る中で日本人の誇りが砕け散るだろう」というメッセージと共に約9億円の身代金を要求する。誘拐事件の全貌が明らかになり、騒然とするマスコミ。特命係の二人は捜査一課の面々、元鑑識の米沢守(六角精児)、警察庁の神戸尊(及川光博)らを巻き込みながら、事件解決へと独自に動き出す。そんななか、東京では世界の要人を招いて国際平和会議が開かれようとしていた。国際社会に向けて“テロに屈しない国家”であることを示さなければいけない日本政府。今回の要求も無視されることになれば、国から二度棄てられることになる少女。様々な思惑が交錯しながら、杉下右京は犯人グループの真の標的に近づきつつあった。しかし、異物混入事件の物証から、犯行グループが50万人分の致死量の毒物を所有していることが判明。あの犯行声明は、東京・銀座に50万人以上の見物客が集まる世界スポーツ競技大会の日本選手団凱旋パレードへの無差別大量テロであった。日本中が歓喜に包まれる凱旋パレードの真っ只中、遂に杉下右京は真犯人を追い詰める。だがその先には誰も想像してなかった真相と未来が待ち受けていた……。