西暦2025年。ゼブラタイムが導入され、ゼブラクイーンの扇情的な歌声が鳴り響くゼブラシティ。すっかり様変わりした東京の路上で、市川新市（哀川翔）はいきなり目覚める。時間はAM5:00、強烈なサイレンとともに“ゼブラタイム”が始まった。ゼブラ灯が点滅、街は白と黒の世界に変わり、新市はいきなり警官（ゼブラポリス）に発砲され、街中を逃げ惑うが、何が起きているのか理解できぬまま、胸を撃たれ意識を失ってしまう。5分後。ゼブラタイム終了とともに朝日が昇り、いつもの日常が動き始める。白装束の男が現れ、新市を連れ去っていく。そこは、ゼブラシティの外にあるコミューン“白馬の家”。ゼブラシティの犠牲者たちを匿い、自給自足の生活をしている彼らのリーダー・浅野（井上正大）は、新市を見て愕然とする。新市は、15年前に行方不明になった小学校教師で、かつてエイリアンと戦い地球を救ったゼブラーマンだったのだ。だが、新市は記憶がなくなっており、傷ついた心と体を癒すため、白馬の家でリハビリ生活を送ることになる。その頃、都知事の娘・ユイにしてスーパーアイドルのゼブラクイーン（仲里依紗）と側近の新実（阿部力）は、世界征服の野望を着実に進めていた。研究施設から忽然と姿を消したエイリアンを探し出し、もう一度地球上で暴れさせ、それを黒ゼブラとなったユイが倒すことで、地球を救うゼブラタイムを全世界に導入しようというのだ。ユイはそのエイリアンが白馬の家にいることをつきとめていた。そんな中、新市は、白馬の家で白黒のパンジーを育てる少女・すみれと出会う。だが、すみれと新市がふと触れ合った瞬間、新市の全身に戦慄が走り、体の一部にゼブラ柄が浮き出てくる。失った記憶が蘇る新市。同調するかのように、ユイの体にもゼブラ柄が現れる。白馬の家に一斉攻撃を仕掛ける新実率いるゼブラポリスと機動隊。地球の存亡をかけた“白と黒の戦い”がいま幕を開けた……。