新米教師の川藤（佐藤隆太）が、不祥事で荒れていた二子玉川学園、通称“ニコガク”野球部を立て直して一年。2009年の春、安仁屋（市原隼人）、新庄（城田優）、若菜（高岡蒼甫）ら野球部の面々は3年に進級し、2人の新入生が入部してくる。1人は中学時代から有望選手として知られた赤星奨志（山本裕典）。もう1人は平塚（桐谷健太）をヒーローとして崇める濱中太陽（石田卓也）。だが入部早々、新入生2人と他の部員たちの関係はギクシャクする。メジャーリーグ志望の赤星は高校レベルの練習では不足と、横柄で反抗的な態度を取る。濱中も、本当は頼りない平塚の実態を知り、やる気をなくしてしまう。そんなとき、不良学生にからまれた赤星を助けた御子柴（小出恵介）が足を骨折。夏の甲子園予選出場が絶望的となる。ギプス姿で病院のベッドに横たわる御子柴を前に、大会での活躍を誓う部員たち。そんな彼らの決意が、赤星、濱中の心を動かす。こうして迎えた予選大会。そこには決死のリハビリでケガを克服した御子柴の姿もあった。一回戦、二回戦と順調に勝ち進み、ついに決勝戦へ。決勝の相手は笹崎高校。中学時代からの安仁屋のライバル、川上貞治（武田航平）がエースとして率いるチームだった。笹崎側の巧妙な作戦と川上のフォークボールを相手にニコガクは大苦戦。そんな状況の中、さらに若菜に悲劇が。果たして、ニコガク野球部は甲子園に出場することができるのか……？