クローン技術が飛躍的に進歩した近未来。愛する母・洋子（石田えり）を病気で亡くしたばかりの高原耕平（及川光博）は、宇宙ステーションの建設作業中に事故に遭い命を落とす。彼は亡くなる直前に合法クローン・プロジェクトに登録しており、妻の時枝（永作博美）は彼の再生に戸惑いを見せるが、科学者・影山（嶋田久作）たちの手によって半ば強引に耕平の身体は再生された。ところが、技術的失敗により、彼の少年時代の記憶のままで蘇ってしまい、耕平が子供の頃、自分を助けようとして川で溺れ死んだ双子の弟の記憶が繰り返される。再生後の困惑の中、自らの死体を目の当たりにしたクローンの耕平は、それを弟と錯覚、母親の元へ届けようと死体を背負い、耕平は故郷を求めて歩き出すのだった。だが、再生失敗の事実を封印するため、彼には影山たちの手によって緩やかな安楽死の投薬が済まされていた……。影山はクローン再生を成功させるため、かつて違法な再生を行った科学者・勅使河原（品川徹）の力を借り、技術的障害を乗り越えることに成功。二度目のクローン再生を行い、完全な成功例として耕平は再度蘇る。世界初のクローン人間として世間の注目を浴びると同時に、それを認めない宗教団体や嫌悪感を示す世論の抗議の的となる耕平。様々な葛藤の中で悩みながら、彼はかつて失敗作として葬られた自分の存在を知り、行方不明のままになっていたその自らの前身の足跡を追って行く。今では廃墟となった田舎の旧家、かつて家族で暮らした故郷に辿り着いた耕平は、そこに前身の死体を発見する。今の自分を生み出すために捨て石となった者への哀惜と後悔が、双子の弟の想いと重なり、耕平は深い悲しみに打ちのめされる。そして彼はある思いを胸に、再び歩き始めるのだった……。