落ちこぼれ大学生の基一（市原隼人）は、突然海外旅行に出かけてしまった双子の弟・喜一（市原隼人二役）にゼミへの出席を頼まれる。弟の喜一は基一とは正反対で成績優秀だったが、“代返だけしていればいいから”ということで気軽に引き受け、素粒子物理学のゼミに出席する。ところが、基一は担当の鳩村教授（石田ゆり子）から、不登校の女子学生・ホミズサラカ（谷村美月）をゼミに参加させるという課題を与えられてしまう。気の重い基一だったが、弟のためと割り切り、また彼女への興味も手伝って、自宅を訪れることに。天才ゆえに大学側も持て余し気味のサラカ。実は、彼女は人工授精で誕生した“作られた天才”だった。普通の人とは違う自分の生い立ちにサラカは孤独感を抱き、引きこもりがちになっていたのだ。話しているうちに、彼女の不思議なパワーに引き込まれてゆく基一。彼は思わず、“宇宙を作ることは出来るのか？”という究極の疑問を彼女にぶつけてしまう。翌日、基一の疑問に興味を抱いた彼女がゼミに現れる。役目を果たしたことで一安心の基一。しかし行きがかり上、彼はサラカと二人で“宇宙が作れること”を立証しなければならない羽目になる。一方、サラカの研究が基盤となって開発された超巨大加速器“むげん”の運転が始まっていた。この巨大建造物を運用することで、宇宙を作り出すという途方もない構想がにわかに現実味を帯びてくる。宇宙創生の謎“神様のパズル”へ、二人の挑戦が始まった……。