山深い伊賀の里から現代の江戸へ、最後の修行にやって来た服部カンゾウこと“忍者ハットリくん”。初めに出会った小学3年生の三葉ケンイチを主に選んだ彼は、「主以外の者には決して姿を見せてはならぬ」と言う掟に従いながら、ちょっとおかしな都会生活をスタートさせる。ある日、ケンイチのクラスに産休教師として新担任のサトーが赴任して来た。だが、実は彼は忍びの道を捨てたハットリくんの宿命のライヴァル、甲賀忍者のケムマキであったのだ。時を同じくして、ケムマキと同じように現代社会に溶け込んで暮らしていた甲賀忍者たちが、毒物で意識不明にされると言う事件が発生した。犯人は、かつての仲間たちの選択を快く思わない甲賀忍者・黒影。ハットリくんは、そんな彼の悪事を食い止めようとするが、逆にケンイチを誘拐されてしまう。そして、主を助けるべく、掟を破って黒影の潜む廃寺に向かったハットリくんは、壮絶な忍法バトルを展開。助太刀に駆けつけたケムマキと協力して黒影を倒し、みごと、ケンイチ救出に成功するのだった。しかし掟を破った以上、破門を覚悟で伊賀の里に帰らねばならない。ところが、父・シンゾウはケンイチと別れ故郷へ戻って来たハットリくんの取った行動を褒め、修行は無事終了となるのだった。ニン！