如月博士によって開発された“Ｉシステム”の研究を受け継いだ宇津木博士が、“シスター・ジル”率いる謎の秘密結社“パンサークロー”に誘拐された。彼らが狙うは、永遠の美をもたらすIシステムの本体であるハートのチョーカー。そして、それを持っているのが如月博士の愛娘・如月ハニーこと愛の戦士“キューティーハニー”だ。チョーカーに触れることでキューティーハニーに変身出来るアンドロイド、ハニーは、警察庁公安8課の女警部・秋夏子や毎朝新聞記者の早見青児と協力して、父を殺したパンサークローから宇津木博士を救出すべく戦いを挑む。そして、シスター・ジルが送り込んで来る“四天王”戦士たちを倒し、シスター・ジルを消滅させたハニーは、実はアメリカ諜報機関のエージェントだった早見と警察庁を辞職した夏子と共に、探偵事務所を始めるのだった。