街には高層ビルが立ち並び、空には無数の宇宙船……。宇宙からやってきた“天人”の台頭と廃刀令により、隆盛を極めた侍が衰退の一途を辿るパラレルワールドの江戸時代末期。かぶき町の便利屋“万事屋銀ちゃん”では、金欠で家賃が払えなくなった坂田銀時（小栗旬）、志村新八（菅田将暉）、神楽（橋本環奈）の3人が、ついにアルバイトを決意する。ところがアルバイトに行く先々で、天下の将軍様と遭遇する羽目に。同じ頃、近藤たちは内紛劇により、真選組始まって以来の危機に直面していた。やがてそれは、将軍までも巻き込んだ陰謀へと繋がっていることが明らかになり、江戸中で大騒動が勃発。この最大の危機に万事屋、そして銀時はどう立ち向かうのか……。