川島みなみ（前田敦子）は病床の親友・宮田夕紀（川口春奈）を引き継ぎ、夏の甲子園の予選を1回戦で敗退した都立程久保高校野球部にマネージャーとして入部する。みなみは野球部を甲子園に連れて行くと宣言するが、エースの浅野慶一郎（瀬戸康史）をはじめ部員の大半は練習をサボってばかり、監督の加地誠（大泉洋）は見て見ぬふりという有様だった。引っ込みがつかなくなったみなみは、書店に立ち寄る。マネージャーについて書かれた本を店員に尋ねると、世界中のマネージャーが読んでいると言う『マネジメント』を勧められる。家に帰って読んでみると、それはドラッカーが書いた経営学の本であった。しかしみなみは、この本に書かれていることを高校野球に活かそうと考える。ドラッカーの至言に従い、夕紀や、後輩マネージャーの北条文乃（峰岸みなみ）の助けを借りながら、みなみは部員たちと向き合っていく。次第にその考えが部全体に浸透し、部員たちは真摯に練習に取り組むようになる。そして実力も向上し、甲子園出場も狙えるまでになっていく。その影響は他の部活動にも波及し、高校野球界全体の古いセオリーさえ刷新する。そして、みなみたちにとって最後の甲子園予選が始まる。程久保高校野球部はトーナメントを勝ち上がっていく。しかし決勝前夜、彼らにとって衝撃的なできごとが起こる。