警察が民営化され“東京警察株式会社”となり、治安維持のため鎮圧暴力がためらうことなく振るわれるようになった日本では“エンジニア”と呼ばれる肉体に改造を施した凶暴、凶悪な殺人犯が増加していた。“エンジニア”の特徴は、自分が傷つけられるとその傷口を変形させて、凶器化した肉体を形成することだった。彼らは、いったいどこから生まれてきたのか、その目的は何なのか、まったく謎に包まれていた。警察は、その殺人ミュータント“エンジニア”と凄まじいバトルを日々繰り広げている。ルカ（しいなえいひ）は暗殺された元警察官の父（堀部圭亮）の後を継ぎ、特殊部隊のエンジニアハンターとなった。彼女は治安維持のために、迷うことなく次々とエンジニアを抹殺するのであった。そんな中、ルカは真の敵が殺戮者“エンジニア”ではなく、より強力な力を持って暴力を振るう存在であることを知る……。