戦乱の時代、隣接する三つの国で争いは続いていた。覇権拡大に意欲を燃やす『山名』は、『早川』と同盟を結ぶ『秋月』に侵攻し、秋月城を陥落させる。しかし、生き残った雪姫（長澤まさみ）と軍資金は城から消えていた。『山名』の労役から逃亡した武蔵（松本潤）と新八（宮川大輔）は、『秋月』の隠し金を発見する。しかし、『秋月』の大将である真壁六郎太（阿部寛）と男装した雪姫が現れて、二人は囚われの身となった。軍資金を『早川』へ運搬しなければならない六郎太の事情を知った武蔵は、敵陣である『山名』を突破して『早川』へ踏み込むという奇策を提案、それを新八と手伝う代償として分け前を要求した。『秋月』の残党を率いて隠し砦に潜む家老の長倉（國村隼）は、その奇策を讃えて、六郎太たちを見送った。そして軍資金と雪姫を狙う『山名』の鷹山刑部（椎名桔平）を欺くため自害する。しかし、鷹山は六郎太の死体がないことから策略を見破った。さまざまな関門をくぐり抜け、民たちの火祭にまぎれて『早川』へ突入しようとする六郎太たちだが、それに勘づいた鷹山によって雪姫とともに隠し砦に監禁される。だが、六郎太たちが運搬していたのは金に見せかけた鉛であり、『秋月』の軍資金は百人の民によって『早川』へと運ばれたあとだった。六郎太たちは囮だったのだ。それを知った鷹山は、雪姫を『山名』の嫁として娶り、『秋月』の血を絶やそうと考える。一方、雪姫を救うため隠し砦に潜入した武蔵は、掘っていた井戸から可燃性のガスを発生させる。そして雪姫を救い、新八の援助もあって隠し砦から脱出。宿命の敵であった六郎太と鷹山も、激闘の末に六郎太が勝利した。いつしか心を通わせあっていた武蔵と雪姫だが、早川城に入ると『秋月』の復興を祈願する民たちがいた。雪姫に「裏切りご免！」と告げた武蔵は、新八とともに『早川』をあとにするのだった……。