中国・少林寺にある武術学校。そこでは、天才少年カンフーくん（チャン・チュワン）が日々厳しい修行を積んでいた。大人相手に戦い続け、「南ピン拳」免許皆伝まであと一歩。だが、“最後の敵”は日本にいると告げた師匠は、カンフーくんを秘技で空の彼方に吹き飛ばしてしまう。“本当の敵が誰なのかは、腕に付けた鈴の音が教えてくれる”という言葉とともに。カンフーくんが着いた場所は東京の下町。太極拳の達人・泉ちゃん（泉ピン子）と孫娘レイコ（藤本七海）に出会ったカンフーくんは、泉ちゃんが経営する中華料理屋「ニュー幸楽」に住むことに。そして、レイコの弟として通った小学校ではクラスの人気者になる。そんなある日、レイコの通う学校に、日本の支配を企もうとする集団「黒文部省」から謎めいた黒女教師（佐田真由美）、風神（桜塚やっくん）、雷神（金剛地武志）、龍神（武田真治）たちが送り込まれてくる。彼らは子供たち全員をダメ人間にするために、校長（笹野高史）と共にゲームソフトを使って洗脳を企む。だが、ただ一人洗脳を逃れたレイコが「黒文部省」のボス・黒文部大臣（西村雅彦）によって連れ去られてしまう。レイコの危機を知って学校に向かうカンフーくん。その行く手を強敵たちが遮る。泉ちゃんとさゆりにも助けられ、カンフーくんがようやく黒文部大臣の下に辿り着いたとき、 腕に付けた「封印の鈴」が鳴っる。ついに“最後の敵”が現れたのだ。果たして、カンフーくんはレイコを助けることができるのか！？ そして“最後の敵”を倒し、「南ピン拳」の免許皆伝を得ることができるのか！？