幼い弟・英夫（西山潤）の病気療養の為、離島”夜美島“に父と共に引っ越して来た由貴（市川由衣）は、隣人から「サイレンが鳴ったら外に出てはならない」と謎めいた忠告を受ける。実は29年前の嵐の夜、この島で謎のサイレンの音と共に全島民が突如姿を消す未曾有の怪事件が発生し、たったひとり生き残った男・土田（阿部寛）が狂ったようにその言葉を繰り返していたと言うのだ。引っ越し早々、言い知れぬ不安が由貴を襲う。そして、1度目のサイレン。その夜から、由貴は異様な出来事を次々に目の当たりにするのであった。怪しげな土着の宗教、廃墟に残された文字、不気味な旋律の島唄、赤い服を着た謎の少女、疫病患者を隔離した島の歴史・伝説、様子のおかしい父……。もはや、この島にいては命が危ない。3度目のサイレンでそう感じた由貴は、英夫を連れて島からの脱出を図るも、サイレンのせいで狂った島民がふたりを追って来た。そこで、由貴はサイレンを発する鉄塔のスピーカーを破壊するのだが、それは鳴り止むことがなった。それもその筈、サイレンは由貴の頭の中にだけ鳴り響いていた幻聴だったのだから――――。半年前、弟を亡くしたショックから精神のバランスを崩していた由貴。島への引っ越しは、本当は彼女の療養の為だったのである。そして、サイレンが鳴ったら外へ出てはならないと言う言葉は、発狂した土田がサイレンを聞き島民を虐殺したことから、「サイレンが聞こえた者を外に出してはならない」と言う裏の意味で使われていたのだ。発狂寸前の由貴をなんとか止めなければ、また殺戮が繰り返されてしまう！ 青年医師・南田（田中直樹）の活躍で、由貴は療養所に連れ戻された。だが、彼女の耳には4度目のサイレンが鳴り響いていた。南田の背後に、ナイフを持った由貴の影が迫った……。