2003年10月13日。陸上自衛隊・東富士駐屯地で秘密裡に行われた人工磁場発生器の実験中に事故が発生し、的場一佐率いる第三特別実験中隊が460年前の戦国時代に飛ばされた。それから2年後、過去の世界での過干渉が原因と思われる虚数空間“ホール”が日本各地に出現、現代日本を侵食し始めた。そこで、研究本部所属の神崎怜二尉は、歴史を正すべく、救出オペレーション部隊“ロメオ隊”を結成すると、元特殊部隊“Fユニット”の一員である鹿島勇祐を招集し、二度目のタイムスリップに挑む。現地での活動制限時間は74時間26分。それを過ぎると二度と現代に戻ることは出来ない、危険なミッションだ。かくして、1549年の世界へとやって来た鹿島たち。ところが、救出対象だった筈の的場は、自衛官と言う身分を捨て正史の織田信長に成りすまし、強大な軍事力で戦国の世を支配。MHD電池を利用して世の中をリセット、この時代から軟弱な平成日本を強靭な国家に作り変えようとしていたのだ。このままでは、歴史は大きく塗り替えられ、鹿島たちの時代が消失してしまう！ しかし、鹿島や神崎らの活躍により的場の野望は打ち砕かれ、タイムリミットぎりぎり、多くの犠牲者を出したもののロメオ隊も無事、現代へ帰還するのであった。