2000年、夏。林間学校に参加した祐介、岬、俊也、秀隆は、森の中で祐介に会いに来たと言う小型ロボット、テトラを発見し、祐介の部屋の押入で飼うことにする。祐介たちが集めて来る金属片でカラダを改造したテトラは、更にタイムマシンの研究をしている天才物理化学者にして町の電気屋・神崎のパソコンからインターネットを通じて知識を増やしていった。ところでその頃、地球上空10万キロに巨大宇宙船団が接近、また太平洋沖200海里には1辺が6キロもある巨大な三角錐が出現していた。それは、惑星改造を目論み、地球の海水を奪いにやってきた異星人・ボイド人のものだった。そして、彼らは自分たちの計画に邪魔になる時代に相応しくないオーバーテクノロジーであるテトラを探して、祐介たちの町に現れる。実は、テトラはボイド人たちの脅威から地球を守る為に未来から送られてきたメッセンジャーだったのだ。岬の従姉・範子や神崎になりすまし、テトラを奪おうとするボイド人。彼らは岬を誘拐し、引き替えにテトラを要求してきた。一方、テトラはガンゲリオンという巨大なパワードスーツを作成し、祐介と共にボイド人に戦いを挑んでいく。そして、ボイド人が乳酸菌に弱いことを掴み、ボイド人を撃退。岬の救出にも成功する。ところが、その戦いでテトラが故障し動かなくなってしまった。テトラには、まだ発明されていないディスクが使用されており、神崎をしても直すことは出来なかった……。それから20年後。ロボット工学を学んだ31歳の祐介に、テトラに内蔵されていたディスク発明のニュースが飛び込んだ。早速、テトラを修理する祐介。更に彼は、神崎博士の開発したタイムマシンで、テトラを2000年の夏に送った。ボイド人の計画を少年時代の自分たちに知らせる為に……。