ゴジラがビオランテによって日本海に追われてから約1000日が過ぎた1992年、東京上空に巨大なＵＦＯが出現。そこには2204年から来たという未来人グレンチコ、ウィルソン、エミーが乗っていた。21世紀に復活するゴジラに破壊された原子力発電所の核汚染によって、23世紀に人類が死滅すると予言する彼らは、恐竜が核実験でゴジラ化する前にワープし、ゴジラを歴史上から消滅させようと計画。ルポライターの寺沢らを仲間に加え、一九四四年のラゴス島へワープし、ゴジラの誕生をくい止める。だがそこへ三匹の小動物を残してきたことから、それがキングギドラとなって現代によみがえり、日本は再び恐怖の底へ。彼らの本当の目的は、赤字国の国土まで買い占める超大国になった23世紀における日本の国力を低下させるためにあったのだ。しかしエミーは彼らの計画に内心反発しており、寺沢達にその計画を打ち明けた。そのころベーリング海で原子力潜水艦が原因不明の遭難事故を起こす。未来人によりラゴス島の恐竜はベーリング海へトランスポートされていたのだった。そして、一度は消滅したゴジラが、キングギドラの出現に引き寄せられるかのようによみがえった。そして死闘の末、ゴジラはキングギドラを倒すが未来人の手によってキングギドラは“メカ・キングギドラ”となって復活。両者は再び対決しメカキングギドラはゴジラに破壊され、ゴジラもまた海底に姿を消すのだった。