昭和二十七年、伊豆天城の月琴の里にある大道寺家の大時計で、大道寺智子の求婚者の一人、遊佐三郎が廻る歯車に体を引き裂かれ死んでいた。この事件に、当主の銀造、妾の蔦代、家庭教師の神尾秀子も息をのんだ。しかも、遊佐のポケットには智子から誘いの手紙が入っていたのだ。金田一耕助は、事件直後、京都の山本弁護士の依頼で、十九年前の事件の真相調査のため大道寺家を訪れる。十九年前の事件とは銀造が大道寺家の婿養子になる前の学生時代に親友の日下部仁志と伊豆旅行をした時、日下部は大道寺琴絵を愛し、やがて琴絵は妊娠したが、日下部は母に結婚を反対され、崖の上から転落事故死したことだ。その後、京都に住む銀造は琴絵と結婚するが、琴絵が月琴の里を離れないため、二人は名目だけの夫婦であった。琴絵は以前大道寺家の小間使いであった蔦代に銀造の世話をさせる。そして、二人の間に文彦が生まれた。琴絵は智子が十五歳の時に死亡する。智子が十九歳の誕生日を迎え、銀造が智子を京都へ引き取るため月琴の里へ着いた翌日、遊佐が殺害されたのだった。静岡県警の等々力警部は、智子と事件直前から智子の身辺に出没する多門達太郎に鋭い視線を向けていた。だが、金田一は、今度の殺人事件の犯人は十九年前の事件に関係ある人間ではないかと推理する。日下部が死亡した時、山本巡査は宮内省から上司へ連絡があり、捜査打ち切りの指示を受けている。しかも日下部は偽名であり、彼が琴絵に渡したという指輪の所在も不明だ。日下部の正体を追求する金田一は、彼が元公爵東小路隆子の次男、仁志であることをつきとめる。警告状の発送者はこうした事実を知る者だとにらんだ金田一は、大道寺銀造にその標的を絞った。神尾秀子は大道寺家の先代が琴絵のために迎えた家庭教師で、琴絵の死後は智子の養育に当っているが、智子の京都行きは琴絵の遺言ではなく、東小路隆子と銀造が仕組んだものと思った。やがて、東小路隆子主催の茶会が開かれる。主な参加者は秀子、蔦代、智子、銀造、赤根崎、駒井に蔦代の兄で心霊研究家の九十九龍馬であった。その茶会で、智子がたてた茶を飲んだ赤根崎が突然その場で死亡する。解剖の結果、胃から多量の青酸カリが検出された。一方、九十九龍馬は、智子が実父の死亡の秘密をさぐっているのを利用し、自宅の密室に誘いこみ暴行しようとしたが、何者かに太刀で刺殺される。調べを続けていた金田一は、大道寺銀造を訪れ、彼のたび重なる殺人を立証し始める。遠い昔、東小路家に仙波という馬丁が仕えていた。東小路家の主人は、仙波の止めるのも聞かず、馬を走らせ女の子を跳ね殺した。仙波はその罪をなすりつけられて投獄される。東小路家から僅かな金を与えられただけで、仙波は獄死してしまう。そんな仙波には、男の子があった。それが大道寺銀造である。まだ少年であった彼の心に東小路の名がやきついた。成長し、高等学生となった銀造は、頼朝伝説にひかれて月琴の里を訪れた。そして、琴絵に会い、恋情を激しくかきたてられる。しかし、不幸なことに、仁志と琴絵は愛し合っていた。父を奪ったという銀造の東小路家への怨みは、東小路家を滅亡させるという殺意となって爆発した。仁志を殺し、琴絵が残した智子をも殺そうとした時、許婚者が現れたのだ。しかし、許婚者二人を殺したものの、智子を愛し始めていた銀造は、彼女を殺そうとした九十九龍馬をも殺してしまう。銀造がすべての罪を認めた時、神尾秀子が彼に近づき、自分が犯人であると絶叫する。彼女の話を止めようとした銀造に、秀子は編み物袋に隠しもっていた銃を発砲する。銀造を愛するが故に、罪をかぶろうとした秀子は、自ら胸を射ち銀造の死体の上に折り重なる。智子を跡目にしようとしていた隆子は、その意志を智子に伝えるが、彼女は、自分の父は自分を一番愛してくれた銀造である事、そしてこれからも月琴の里に残ると隆子に言うのだった。隆子も快くそれを認める。隆子の主人への怨みが、連続殺人を生んだのである。智子は女王蜂と呼ばれた。女王蜂は母系社会の種族を永らえるために、働き蜂に身を守らせ、そして殺していく。そして今、働き蜂を次々と殺した銀造は、義子・智子にその罪を許され、静かな眠りについた。女王蜂と呼ばれたこの事件は、自然の摂理が生んだ、気高く、恐しいものであったことを金田一は痛感するのだった。