ジョン・レノン暗殺のＴＶニュースを見ながら、三津木五郎は一九六七年の恐ろしい事件を思い出していた。当時、大学を出たばかりの五郎はヒッピー姿で放浪中、瀬戸内海の刑部島で、金田一耕助と出会った。その頃は、ビートルズの“ゲット・バック”が流行っていて、五郎のトランジスタ・ラジオからもよく流れていた。金田一はその島出身で、アメリカ帰りの億万長者、越智竜平の依頼で人を探しに来ていたのだ。島とフェリーで結ぶ岡山県下津井港で、海に漂う仮死状態の男が上がり、「あの島には悪霊がとりついている、鵺の鳴く夜は気をつけろ……」と言葉を残して息を引取った。そこで、金田一は別の事件で来ていた磯川警部と出会い、死体の男が金田一の探している男と同一人物であることを聞く。磯川は浅井はるという市子でもぐりの産婆の殺人事件で来ていた。事件の前に、磯川は、はるから手紙を受け取り、二十年以上も昔、赤ん坊を取り上げたことで恐喝をしていたが、それが原因で誰かに狙われていると書いていた。はる殺しの目撃者はうす汚い風体の男を見たと言う。島へ渡った金田一は、島の実力者、刑部大膳の経営する宿に泊った。大膳は、かつて相思相愛の仲だった刑部神社の娘、巴（現在の巴御寮人）と竜平の仲を裂いて、守衛と結婚させたことがある。巴にはふぶきという双生児の姉がいるが、脳を患って離れに住んでいる。さらに巴には双生児の真帆、片帆という娘がいる。金田一が探していた男は、島にレジャーランド建設を目指す竜平の派遣した尖兵だった。祭りを控え賑わう島へ、その竜平が凱旋帰郷した。数日後の夜、巴の婿である守衛が竜平が寄進した黄金の矢で胸を刺されて死んでいるのが発見された。さらに、行方不明だった片帆も絞殺死体で見つかった。その頃、はる殺しの目撃者の見た男が五郎と判明した。五郎によると、死んだ母に自分は貰われた子であり、はるによって取り上げられたことを聞いたのだ。そして、はるの手帳に、自分の生まれた年に巴が子供を生んでいるのを見つけ、彼女が母親かもしれないと思い、再度、はるを訪ねると彼女は殺されていたという。二十数年前、巴はそこで、竜平の子を産んでいたのだ。二十数年前、竜平と巴は鵺の鳴き声を合図に逢瀬を重ねていた。結局、守衛の殺人犯はふぶきと断定されるが、金田一は納得出来ない。ふぶきが若い頃に過した広島に向った金田一は、原爆で彼女が死んだらしいことをつきとめる。島に戻った金田一は磯川にふぶきは存在せず、犯人は巴であると話す。巴は竜平と別れたショックで、刑部神社を継ぐ女と、ひたすら男を求める狂った女の二重人格となった。そして、責任を感じた大膳は死んだふぶきを復活させ、巴が狂うと、ふぶきに仕立て離れにかくまったのだ。大膳を本当の刑部神社のある洞窟に追い込んだ金田一は、そこで、腰の繋がった双生児の骸骨を見た。それこそ、巴が産んだ竜平の子だ。そして、狂った巴が抱き、秘密がバレるのを恐れて殺された男たちのいくつもの骨。竜平に依頼され金田一が探していた男もその一人だ。そして、守衛を殺したのは、彼が竜平にレジャーランド用地として神社の土地を売ってしまったのを正気の巴がつきとめて殺したこと。片帆は父を探しに島に来ていた兄弟の一人との逢引きを巴に見つかり、嫉妬に狂った彼女に殺されたことをつきとめた。そこへ、狂った巴が竜平を連れて現れた。また、二人を追って、巴を守ってきた吉太郎もやってきた。蝋燭の消えた闇の中、もつれる音がして再び火が灯ると、竜平ともみあった吉太郎の死体。そして、巴は双子の骨のところへ走りよろうとして深い穴に落ちて死んでしまった。放心した大膳は吉太郎の銃で自らを射つのだった。島を離れる金田一。“レット・イット・ビー”が流れている。