日本近海で、海上自衛隊の潜水艦がアメリカの原潜に衝突して沈没する事故が発生。艦長の海江田四郎（大沢たかお）を含む全乗員76名が死亡したとの報道を受け、日本中に衝撃が走る。だが実は、乗員は無事生存していた。事故は、日米が極秘に開発した日本初の高性能原子力潜水艦シーバットの乗員に選抜された乗組員たちを、シーバットに乗務させるための偽装工作だったのだ。シーバットは日本が建造費を提供したにも関わらず、米艦隊所属という数奇な運命を背負った落とし子。その艦長に任命されたのが、海自一の操艦技術を誇る海江田だった。ところが、海江田はシーバットに核ミサイルを積載して出港すると、潜航中に米軍の指揮下を離れ、深海へと消える。海江田を核テロリストと認定し、太平洋艦隊を集結させてシーバット撃沈を図るアメリカ。アメリカより先にシーバットを捕獲しようと追いかける海自のディーゼル潜水艦たつなみ。その艦長、深町洋（玉木宏）は、過去に起きた海難事故により、海江田に並々ならぬ感情を抱いていた……。大義か、反逆か。日米政府、海自の潜水艦乗組員たち、米海軍までをも運命の大波に呑みこむ、海江田の目的とは……？