デスノートを駆使して世の中に野放しになっていた凶悪犯を次々と死に追いやったキラこと夜神月と、命をかけてキラを食い止めたLとの天才同士の対決から10年。再び死神が地上にデスノートをばらまき、世界中が大混乱に陥っていた。だが亡くなった夜神総一郎の跡を継ぐべく、警視庁内にはキラ事件に精通した三島創(東出昌大)や七瀬聖(藤井美菜)といった捜査官たちを中心にデスノート対策本部が存続していた。ロシア、ウォール街そして渋谷でのデスノートによる大量殺人が行われる中、世界的私立探偵にして“Lの正統後継者”竜崎(池松壮亮)が加わり事件解明に当たる。やがて地上には6冊のデスノートが存在する事が判明。その矢先、キラウィルスと呼ばれるコンピューターウィルスが世界中に拡散される。そのメッセージには「他の所有者に告ぐ。速やかに私に差し出せ」とデスノートの提出を呼びかけていた。6冊のデスノートを全て手にした者が地上を制する。キラ復活を望む者、そしてそれを阻止する者たちとの究極の争奪戦の幕が切って落とされた……。