長崎大学3年生の門田清水(北乃きい)は、坂の上の団地で父母と3人暮らし。平凡だが幸福な毎日を過ごしている。陸上部で汗を流し、医学生の山口光太(北条隆博)とのデートを楽しむ清水は、将来のことは漠然としているが何の不安もない明るく純粋な女性だった。だがある日、母とケンカをしたその夜、母が心臓発作で亡くなってしまう。あまりの突然の出来事に、清水はその死を受け入れられず、母からの電話を無視した罪悪感に押しつぶされそうになっていた。一方、まもなく娘の一周忌をむかえる高森砂織(稲森いずみ)は、いまだに一人娘・沙耶香を失った悲しみを癒せないでいた。砂織の実家は300年続くカトリックの家で、母・瀧江(宮下順子)と父・良一(石橋蓮司)は、孫の死を“神の思し召し”と考え、試練を乗り越えようとしてきた。そんな中、砂織の妊娠が発覚。また子供を失うのではないかという恐怖と、産みたいという思いで砂織は混乱する。夫の博好(杉本哲太)は、やり直そうと砂織を励ますが、砂織はなぜ沙耶香を失ったのかという思いに心を支配されていくのだった。やがて、砂織と清水は浦上天主堂近くで導かれるように出会い、二人は共に大切な人を亡くしたことを知り、互いに欠けたものを求めるように心を通わせていく……。