1944年3月、大陸侵攻を間近に控えたある日、アメリカ軍のジョン・ライスマン少佐（リー・マーヴィン）は「特赦作戦」と呼ばれる奇妙な作戦命令を受けた。特赦作戦というのは、死刑あるいは長期の刑を宣告され服役中の元兵隊12人を選び出し、徹底的に鍛え、ヨーロッパ大陸侵攻直前にノルマンディーの敵前線背後に送りこんで攻撃するというものである。間もなくライスマンは選ばれた12人の極悪人と向かいあったのだが、どれも一筋縄ではいきそうもなく困難が予想された。6月に入り大陸侵攻の矢はまさに放たれようとしたいた。ライスマンのキャンプでは、彼やボウレン軍曹の容赦ない訓練が実を結び、12人の男たちは1団となって考えたり行動するようになっていた。軍首脳部の間には、この「特赦作戦」に対する強い不信と反対があったが、ワーデン将軍（アーネスト・ボーグナイン）は、反対意見をおさえ、その作戦を実行に移した。12人が攻撃する特定目標は、広大な林に囲まれた豪壮なフランス人の館であった。その館には週末になるとドイツ軍上級将校たちが、夫人や愛人をともなって集まったから、彼らを壊滅させれば、ノルマンディーの壁は容易に破れるのだった。闇にまぎれてドーバー海峡を越えたライスマン、ボウレン以下14人は、パラシュートで目ざす館へ降り立った。「特赦作戦」による奇襲は明らかに成功であった。これによってドイツ軍の指揮は乱れ、統一を失い、かくて連合軍はノルマンディーに上陸したのだった。そしてワーデン将軍は、「汚れた12人」と呼ばれる元軍人たちの功績を認め、彼らを以前の階級において任務に戻ることを進言したのだった。