雷雲となって闇夜に舞い上がった無数の龍がガジュマルの樹を真っ二つに引き裂いた夜、孫嗣志（奥田瑛二）の家に1人の女の子が誕生する。女児では悲願の孫家再興が叶わないと、肩を落とす嗣志からは名前も与えられず、自らを“真鶴”と名付けたその子（仲間由紀恵）は、成長するにつれて高い学力を身につけてゆく。その一方で、官史登用を目指した嗣志が養子に迎えた孫嗣勇は家出してしまう。父の悲願を果たすため、真鶴は女を捨て、清国生まれの宦官で孫家の養子、孫寧温として生きることを決意。史上最年少で難関の官吏登用試験を突破すると、同じく登用された朝薫（塚本高史）と共に、清国と薩摩藩からの二重支配下にあった琉球王朝の国政に参加、頭角を現す。しかし国王、尚育王（高橋和也）の姉で強い霊力を持つ聞得大君（高岡早紀）に女であることを見破られ、窮地に。朝薫も、寧温との間に男同士の友情とは別の感情を秘かに抱き始める。さらに、寧温の心を大きく揺さぶったのは、薩摩藩から派遣された浅倉雅博（谷原章介）との出会い。浅倉との交流を深めるにつれ、自分の中の女性を否定することで生き抜いてきたはずの寧温は、真鶴として浅倉を想うことで戦う勇気を得ていたことに気付く。一方、浅倉も寧温に対して立場を越えた想いを募らせてゆく。個人的な想いに揺れつつも、外交、教育、行政を一手に担う寧温の前に現れた更なる強者が、清国から派遣されて琉球王国乗っ取りを企む宦官の徐丁垓（GACKT）。彼は、異常な狡猾さと執拗さで寧温を追い詰める。その上、寧温はある日突然、前王朝の末裔として王位奪回を狙う謀反人であると告発され、流刑にされてしまう。数年後、ペリー率いるアメリカ大艦隊の来航にうろたえる朝薫ら王府の役人たちと浅倉の前に再び姿を現す寧温。琉球王朝の行く末は？そして男として、女として、ひとりの人間として、琉球王国のために身を捧げてきた真鶴＝孫寧温の運命は……？