イッシュ地方を旅するサトシ(声：松本梨香)とピカチュウ(声：大谷育江)、アイリス(声：悠木碧)、デント(声：宮野真守)たちは「大地の剣」と呼ばれる城を中心に広がる街、アイントオークにやってきた。この街は、かつて「大地の民の王国」として栄えていたが、現在は衰退してしまっていた。サトシたちは、アイントオークの町長・モーモント(声：山寺宏一)が主催する収穫祭の記念バトルに参加、そこで人やポケモンに不思議なパワーを与えることのできる幻のポケモン・ビクティニ(声：水樹奈々)と出会い、仲良くなる。王国復活を願う大地の民の末裔、ドレッド・グランギル(声：つるの剛士)は、ビクティニのパワーを利用し「大地の剣」を動かそうと企むが、その影響によりアイントオークはかつてない異変に巻き込まれてしまう。果たして、サトシたちはこの街の危機を救えるのか。伝説と呼ばれしポケモン・レシラム(声：谷原章介)の謎とともに、ポケモン史上最大の冒険が始まろうとしていた……。