ポケモンマスターを目指してイッシュ地方を旅するサトシ（声：松本梨香）と相棒のピカチュウ（声：大谷育江）、ポケモンのキバゴと一緒に旅するアイリス（声：悠木碧）、ポケモンソムリエのデント（声：宮野真守）たちは、“大地の剣”と呼ばれる城を中心に広がる街、アイントオークを訪れる。この街は、かつて“大地の民の王国”として栄えていたものの、現在はその勢いも失って衰退していた。アイントオークの収穫祭記念バトルに参加したサトシたちは、そこで人間やポケモンに不思議なパワーを与えることのできる幻のポケモン、ビクティニ（声：水樹奈々）と出会う。そこへ、王国復活を願う大地の民の末裔ドレッド・グランギル（声：つるの剛士）が現れ、ビクティニのパワーを利用して“大地の剣”を動かそうと企む。だが、その影響により、アイントオークはかつてない異変に巻き込まれてしまう。果たして、サトシたちはこの街の危機を救えるのか？ビクティニの運命は？ゼクロム（声：高橋英樹）の謎とは何か……？