野生のキツネ、Mr.Fox（声：ジョージ・クルーニー）は盗みのプロ。日々の仕事は、農家からニワトリやアヒルを失敬すること。妻のMrs.Fox（声：メリル・ストリープ）から妊娠していると告げられた秋のある日。2人でひな鳥をいただこうと企んでいると、うっかり罠にかかってしまい、絶体絶命のピンチに陥る。農家の主人に捕えられた檻の中で泥棒家業から足を洗うことを誓うMr.Fox。そして12キツネ年後。ガゼット紙の記者として働くMr.Foxは、Mrs.Foxと12キツネ歳になる変わり者の息子アッシュ（声：ジェイソン・シュワルツマン）の3人で暮らしていた。今の生活にそれなりに満足しているMrs.Foxに対して、42キツネ歳になったMr.Foxは、貧乏な穴ぐら生活に飽き始めていた。見晴らしのいい家を買って、もっといい暮らしがしたいという欲求にかられたMr.Foxは、丘の上に立つ大木の家を購入しようとする。しかし、アナグマの弁護士バジャー（声：ビル・マーレイ）は大反対。丘の反対側には意地が悪く、薄汚く、醜い3人の農場主が住んでいるということが、その理由だった。彼らの家から丸見えの大木一体は極めて危険な地域だという。それでもMr.Foxはバジャーの忠告を無視して家を購入、大木へ引っ越してゆく。そして、これをきっかけにMr.Foxの泥棒稼業が復活。野生の本能が目覚めたMr.Foxは、フクロネズミの管理人カイリー（声：ウォーリー・ウォロダースキー）を巻き込んで、3人の農場主たちの飼育場から昔のように獲物を盗むことに熱中する。獲物を盗まれた農場主たちの怒りは絶頂に達し、キツネVS農場主の穴ほり合戦の火蓋が切って落とされた。果たして、彼らは無事逃げきれるのだろうか……？