地球から遠く離れたウルトラマンたちの故郷、M78星雲・光の国。まばゆく輝くプラズマスパークタワーの光を闇が包んだ。それは、復活した悪の戦士ウルトラマンベリアル（声：宮迫博之）の仕業だった。大昔、ウルトラの一族でありながら暗黒の力に魂を奪われ、光の国に反旗を翻したベリアルは、ウルトラマンキング（声：小泉純一郎）によって宇宙監獄に幽閉されていた。だが、封印を破って復活。さらに、強大な力を持つレイブラッド星人（声：蝶野正洋）から授かった脅威のアイテム“ギガバトルナイザー”で100体もの怪獣を意のままに操り、破壊の限りを尽くしてゆく。立ち向かうウルトラ戦士たちだったが、ベリアルの前に次々と倒れてゆく。さらに、続々と蘇るかつての強敵怪獣たち。全宇宙に危機が迫る中、傷ついたウルトラマンメビウス（五十嵐隼士）は地球の怪獣使いレイ（南翔太）に協力を求める。ベリアルと同じ“レイオニクス”の能力で怪獣ゴモラとともに戦うレイは、求めに応じて光の国を取り戻すために立ち上がる。そして、辺境の惑星で厳しい修行を積んでいた新たな戦士ウルトラマンゼロ（声：宮野真守）も、故郷の危機に駆けつける……。