21世紀初頭。人類に延命効果をもたらしたバイオ・テクノロジーとロボット産業が急速に発展を遂げたことにより、日本は市場を独占し世界を大きくリードした。しかし様々な危険性が指摘されるようになると、国連はこれらの技術を厳格に規制することを求めた。日本政府はその要求に従うどころか、反旗を翻して我が道を行く決定を下した。その決定とは、日本鎖国。2067年。日本はハイテク技術を駆使した完全なる鎖国をスタートさせる。その後日本の情勢は秘密のベールに包まれたまま、10年が経過した。そして2077年。日本では何が起きているのか探るため、米国特殊部隊“SWORD”は、10年もの間ベールに包まれてきた日本へ潜入することを決意。その中にはファイタースーツに身を包んだ女性兵士、ベクシル(声:黒木メイサ)の姿もあった。隊長レオン(声:谷原章介)の指揮により、日本への潜入作戦を実行するSWORDのメンバー。しかし、その計画は全て日本側に察知されていた。待ちかまえていたのは、事実上日本を掌握している企業・大和重鋼のサイトウ(声:大塚明夫)だった。警備兵に取り囲まれたSWORDのメンバーは行き場を失うが、レオンの身を挺した行動と謎の日本人マリア(声:松雪泰子)の助けにより、ベクシルは潜入に成功した。そこでベクシルが目にした東京は、想像を遥かに超えた変貌を遂げていた。マリア達と行動を共にするうちに、ベクシルは大和重鋼が企む世界を巻き込んだ壮大な実験が進行していることに気付く。渦中に身を投じてしまったベクシルは、ある行動をとる……。