悲しみの青、憎しみの黒、怯えの黄色……銃弾は、撃つ人間の感情によって色を変える――。幼い頃に殺された両親の復讐の為、門脇組長を殺害した殺し屋の葉山田。逃走途中、スクーターに乗った少女・観幸に出会った彼は、両親を無理心中に追いやった父親の愛人を殺してくれるよう、彼女に頼まれる。だが銃撃の瞬間、思わず弾先を逸らす観幸。その後、両親が自殺した森へと赴いた彼女は、そこで葉山田に呟く。「殺されるなら、私もママのように愛する人に殺されたい」と。翌朝、観幸と別れた葉山田は、彼を追う殺し屋・丸山と対峙する。葉山田の殺しの師匠である丸山は、実は彼の父親を殺した仇でもあった。しかし、葉山田は撃たず、丸山の撃った”赤い銃弾“によって絶命。直後、発作を起こした病身の丸山も、見届け人の種田に自分を射殺しろと命じる。そして、躊躇いながらも銃爪を引いた種田は、ふたりのような殺し屋になることを決意し、偶然出会った観幸と共に彼女のスクーターを駆ると、未来へ向けて走り出す。