徳川家康が和睦のため豊臣秀頼のもとへ嫁がせた孫娘・千姫の命を、猿飛佐助(松方弘樹)の手引きにより、何者かが狙っている。その知らせを受けた服部半蔵(千葉真一)は、直ちに千姫奪還と謀略の阻止を影の軍団に命ずる。が、そこには疾風(山口祥行)と妖騎(高野八誠)の姿はなかった。彼らを含む数人の伊賀の残党たちは半蔵のもとへ向かう途中、風魔小太郎(山本昌平)率いる風魔忍者の襲撃に合い、双方、全員討ち死にしたという。動揺する金剛丸(船木誠勝)を尻目に、半蔵は伊賀の残党のひとり、山賊の烏丸(金子昇)を探し出し、任務に加える決意をする。更に影の軍団の前に立ちはだかる、もうひとつの影たちがいた。風魔の残党・雪乃丈が一族の仇を討つため、同じく半蔵に恨みをもつ根来衆と手を組み、巧みな忍術を仕掛けてくるのだった。影の軍団は、無事に任務を遂行できるのか