神崎士郎が作ったカードデッキによって誕生した13人のライダーたちは、ミラーワールドから出現するモンスターたちと闘いながら、それぞれの願いをかなえるために生き残りを賭けたバトルを繰り広げていた。そして2002年、冬。6人に絞られたライダーたちは、士郎によって3日と言うタイムリミットを突然宣言される。ところが、王蛇が、ゾルダが、ファムが次々と倒れていく中、龍騎はその闘いが実は士郎の妹・優衣の命を救うためのものだと知る。幼い頃、ミラーワールドに迷い込んで一度死んだ優衣。命を授けられ戻って来た彼女だが、その命が続くのも彼女が20歳になるまで。そこで、士郎はライダーたちを闘わせ生き残った最も強い命を優衣に与えようと企んでいたのだ。しかも、そもそも彼女がミラーワールドに迷い込む原因を作ったのは幼い頃の龍騎だった。自らの呪われた運命を嘆く龍騎。そんな彼の前に、ミラーワールドから影の龍騎とも言える最後のライダー、リュウガが出現。龍騎とナイトに闘いを挑んでくる。ところが同じ頃、闘いを止めさせようと優衣が自らの命を絶った。悲しみに暮れる龍騎はリュウガを倒すと、ナイトとの闘いを一時休戦し、ミラーワールドから溢れ出るモンスター退治に乗り出していく。