1929年に中国・北京郊外で発見された北京原人の頭蓋骨の化石が、第二次世界大戦の渦中に消失した。そして2001年、東シナ海の海底に沈んでいた北京原人の化石を発見した日本の生命科学研究所は、その化石骨からＤＮＡを採取すると、それを増殖させ、北京原人そのものを甦らせようという驚くべき実験に着手する。それは、宇宙空間へ打ち上げられた日本初の有人スペースシャトルの中で、若き科学者・竜彦と桃子らによって極秘に進められていたが、ついに実験は成功し、親子と思われる3人の北京原人が、50万年の時を超えて現代に甦った。原人たちはそれぞれタカシ、ハナコ、ケンジという名前を与えられ、さまざまな観察と実験を繰り返される。やがて、彼らの超人的な力が明らかにされていくが、この神をも恐れぬ行為の利権をめぐって、北京原人の化石骨の本来の所有者である中国や、生命工学の先陣であるアメリカが動き出した。そしてある日、タカシとケンジが中国に誘拐されてしまう。そのショックから、ハナコは体調を崩し倒れた。それを見て人間のエゴに気づいた竜彦は、桃子とともにハナコを彼女の記憶の奥に残るモンゴル平原の山に返してやろうとする。しかし同じ頃、タカシたちを誘拐した中国側のテレビリポーター・美々もまた、原人たちの気持ちを理解し、モンゴル平原へと向かっていた。果てしなく広がるモンゴル平原の故郷の山を目前に、再会を果たした原人たち親子は、やはり生命科学研究所によって復活させられていたマンモスの背に乗ると、竜彦たちと別れを惜しみながら故郷へ帰っていく。