二二〇一年、巨大な白色彗星が現われ、多くの星々を破壊していた。それは、かつてない平和と繁栄の道を進んでいた地球にとって新たな脅威であった。資源輸送船団の護衛任務についていたヤマト戦士たちはあるとき、宇宙のどこかで救いを求める声をキャッチした。地球連邦政府がこの件を取り合わなかったため、古代進らヤマト戦士たちは廃艦処分となっているヤマトのエンジンを始動、宇宙へ飛び立った。ヤマトは途中で白色彗星の攻撃で火を吹く地球防衛軍の旗艦「ゆうなぎ」を救出、負傷した土方艦長をヤマトに収容した。救いを求める声の発信源テレザート星へ向かうヤマトの前に、裸身の乙女テレサの幻像が現われた。彼女は今、テレザート星の空洞に幽閉されており、白色彗星が全宇宙の征服を目ろむ人工の帝国であることを知らされる。一方、彗星帝国では、大帝が、かつてガミラス総統としてヤマトに敗れたデスラーに再びヤマトとの戦いを要請した。しかし、デスラーは又しても敗れ、戦闘で負傷した古代の婚約者森雪に謝罪の言葉を残し、白色彗星の弱点を告げて最期を迎えた。その頃、地球軍戦艦を撃沈した彗星帝国は、地球に降伏を迫った。猶予時間も過ぎ、帝国が進撃を開始した時、ヤマトがその雄姿を現わした。ヤマトの波動砲が彗星の光の膜に向かって発射されると、白色彗星は火の玉となって炎上した。しかし、その光の膜の中から、巨大都市帝国が現われた。そして、帝国のミサイルを被弾して雪、佐渡、土方が息絶えるのである。ヤマト戦士は帝国都市に突入するが、古代は新艦長となったため船に戻り、真田、斉藤は動力源を破壊しに前進する。二人は動力源に爆弾をセットすると同時に敵の攻撃に倒れた……と、大爆発が起きた。動きの止った帝国をヤマトから見る古代。都市の残骸が四方に飛び散っている。しかし、煙、残骸が薄れてゆくと、そこに黒光りする超弩級宇宙戦艦が出現してくる。目を疑う古代、唖然とする地球首脳部。そこで古代は、ヤマト元艦長である故沖田の教えによって一人で巨大戦艦に向かった。ヤマトの前方にテレサの姿が浮び上がり、古代を激励する。救命艇の中の島たち地球の人々が、涙を流しながら、ヤマトを見つめている。雪の身体を抱き前方を見つめる古代。二人の顔は至上の倖せに溢れている。ヤマトは宇宙の闇に溶け込むように進み、その姿が消えると、一条の閃光、遅れて天地を揺るがす万雷の轟き－－「西暦、二一〇一年、ヤマトは永遠の旅に旅立って行った」