1866年、幕末の浪人・坂本竜馬は黒船に魅せられていた。彼とその仲間・海援隊は、日本中が勤皇倒幕・尊皇攘夷と騒いでいるなか、商人シシと呼ばれ世間からバカにされながらも、株式会社亀山社中を興し、お金もうけに励んでいた。長州から桂小五郎と伊藤俊輔（博文）が武器の買い付けに来た。竜馬たちは武器購入の仕事をひきうける。英字新聞を訳し世界情勢を熟知していた竜馬たちは、英国商人グラバーから最新銃を安値で買い付けることに成功し、その輪送を任され長州へと向かう。戦さの天才・高杉晋作率いる長州武士団の作戦会議のさなかに到着した竜馬たちは、うまく乗せられて参戦するハメになってしまう。たった一艘のボロ黒船ユニオン号と小さな和船を操っての高杉の奇襲戦法。だが巨大な幕府艦隊の前に、ユニオン号と奇兵隊はなすすべもなく敗走した。失意の高杉は、竜馬たちに長崎へ帰るように告げ、背を向ける。そんなところへ、武市を始めとする土佐勤皇党の仲間たちが、幕府の圧力で皆殺しにされたという土佐からの便りが届く。仲間たちの無残な死に竜馬は立ち上がる。作戦会議が開かれ、竜馬の提案により、ペタゴラスの定理を応用した戦場の測量が始められた。奇兵たちは、竜馬たちに次第に打ち解け、高杉も竜馬の不思議な魅力に捉えられてゆく。6月17日、長洲軍の小倉総攻撃は開始された。幕府艦隊を破り、赤坂峠へ進撃した長州軍の前に、肥後細川藩の洋式軍隊が大きく立ちはだかる。高杉得意の散兵戦術も、最新のガトリング砲8門の前には全く歯が立たなかった。先陣を切った150名のうち115名が死亡した。その知らせを聞いた海援隊は飛んでいく。重傷の奇兵を抱きおこす竜馬。細川藩に向かった池内蔵太が弾丸に打たれた。大喀血をして倒れる高杉。その時奇蹟がおきた。細川藩が引き揚げて行く。将軍家茂が倒れたためである。