北海道函館市にある斧江財閥の収蔵庫に、怪盗キッド（声：山口勝平）からの予告状が届く。ビッグジュエルと呼ばれる宝石を追い求めているキッドだったが、今回は、幕末を生きた新選組副長・土方歳三にまつわる日本刀を狙っていた。西の高校生探偵・服部平次（声：堀川りょう）とコナン（声：高山みなみ）たちは剣道大会のために函館に来ており、犯行予告当日、キッドの変装を見破った平次はキッドを追い詰めていくが……。その頃函館倉庫街では、胸に十文字の切り傷がつけられた遺体が見つかり、“死の商人”と呼ばれアジア一帯で武器商人として活動する日系アメリカ人の男が捜査線上に浮かぶ。男は、戦時中軍需産業に深く関わっていた斧江家初代当主が函館のどこかに隠したとされる宝を探していた。その宝とは、当時日本の敗色濃厚だった戦況を一変させるほどの強力な兵器だという噂もあり、その宝とキッドが狙う刀は関係があるようであった。刀を狙うキッドに謎の剣士の影が迫り……。