闇の魔王（ティム・カリー）は、夜の闇を支配し地球を暗黒と化そうとしていた。その野望を邪魔するユニコーンの角を取ってこいと、手下のブリックス（アリス・プレイトン）に命じた。清楚な王女リリー（ミア・サーラ）は野性の青年ジャック（トム・クルーズ）と森を散歩する。リリーは指輪を池に投げ、それを取ってきた男と結婚するという。ジャックは彼女にユニコーン2頭を見せる。そのうちの1頭をブリックスが吹き矢で倒し、角をもぎ取った。リリーとジャックは離れ離れになる。雪の中に寝ていたジャックは妖精ガンプ（デイヴィッド・ベネント）に起こされ、ガンプやブラウン・トム（コーク・ハバート）、スクルーボール（ビリー・パーティ）らの妖精仲間とともに、リリー救出に出発した。妖怪メグを倒し、魔王の住む城内へ。黒いドレスの魔女（リズ・ギルバート）はリリーと踊り、魔王の前へつれてくる。魔王はリリーに「妃になれ」という。ジャックらは、魔王が日光を浴びると死ぬことを知り、大きな皿で太陽光線を外から反射されて内部まで運び入れようと準備する。地下では1頭になったユニコーンの牝が殺されようとしていた。ジャックはユニコーンの角を魔王に投げつけ、太陽光線を当てると、魔王は断末魔の声と共に息たえ、リリーも倒れた。ジャックは池にとび込んで、指輪を見つけてリリーの指にはめると、彼女は息を吹きかえし、2人は結ばれるのだった。