妖精たちが暮らす不思議な世界。そこでは美しい大自然の中、ユニコーンのような角を持つ美しい白馬のペガサスが空を飛び、色とりどりの尾びれを持つマーメイドたちは自由を謳歌、神秘的な魔法が満ち溢れていた。だがそれは、はるか昔の話。科学や技術の進化と共に小人や妖精たちも便利な世界に慣れ、この世から魔法は消えてしまった。今や、空を飛ぶのはジャンボジェット機で、美しいペガサスは“野良ペガサス”となり、街の地べたでゴミを漁る迷惑な存在に……。魔法が消えかけたそんな世界に暮らす内気な少年イアン(声:トム・ホランド)は、自分が生まれる前に亡くなった父に一目会うため、好奇心旺盛な兄バーリー(声:クリス・プラット)と共に、魔法を取り戻す冒険の旅に出るが……。