昭和111年、医療革命により人類は“死”を克服していた。人々は体内の“ナノマシン”とそれらを“ネットワーク”により管理する“S.H.E.L.L.”体制の支配により、病気にかかることもなく、傷の手当ても必要とせず、120歳の寿命を保証する無病長寿を約束される。しかし、その究極的な社会システムは、経済格差や死ねないことによる退廃的倫理観、重度の環境汚染、S.H.E.L.L.ネットワークから外れ異形化する“ヒューマンロスト現象”など、様々な歪みを産み出していた。大気汚染の広がる環状16号線外（アウトサイド）“イチロク”で、薬物に溺れ怠惰な暮らしを送っていた大庭葉藏（声：宮野真守）はある日、暴走集団と行動する謎の男・堀木正雄（櫻井孝宏）とともに、特権階級の暮らす環状7号線内（インサイド）への突貫に参加し、激しい闘争に巻き込まれる。そこで、ヒューマンロストした異形体“ロスト体”に遭遇し、対ロスト体機関“ヒラメ”に属する不思議な力をもった少女・柊美子（花澤香菜）に命を救われる。そして、自分もまた人とは違う力を持つことを知った葉藏は、運命に翻弄されていく……。