1972年4月11日。大統領選挙203日前。FBI副長官マーク・フェルト（リーアム・ニーソン）は、ディーン大統領顧問（マイケル・C・ホール）から、40年間、FBIに君臨し続けるフーバー長官の退任について相談を受ける。だが、フーバーに忠誠を誓うフェルトは、FBIに集まるあらゆる情報を記した極秘の“メモ”の存在を仄めかし、逆に顧問たちをけん制。やがて、フーバー長官が死亡すると、司法次官のパトリック・グレイ（マートン・ソーカス）が長官代理に抜擢される。自分が次期長官だと信じていたフェルトはその事実に愕然とする。大統領選挙133日前。ウォーターゲート・ホテルの民主党本部に侵入した男たちが逮捕される事件が発生。捜査を開始したフェルトは、グレイから48時間以内の解決を命じられる。マスコミを利用して捜査継続を目論むフェルトは、TIME誌の記者サンディ・スミス（ブルース・グリーンウッド）と接触し、捜査情報をリーク。さらに、ワシントン・ポストにも電話を入れる……。やがてワシントン・ポスト紙に、ウォーターゲート事件は元CIA職員による盗聴事件だとの記事が掲載される。TIME誌でもFBIが真相隠蔽を画策したとの記事が出るという情報が。捜査情報のリークを巡って混乱するFBI。捜査を巡ってディーン大統領顧問と対立したフェルトは、例え相手が大統領であったとしても、犯罪を放置することは出来ないと決意を固める。だが、CIAの捜査は中止され、FBIにも捜査打ち切りが命じられる。それでも、真実を突き止めるまでの捜査は止めないと捜査官たちに熱く語るフェルト。そして、大統領選挙直前になって、“ディープ・スロート”と名付けた謎の情報提供者から得た情報に基づき、“ウォーターゲート事件は政権によるスパイ工作だった”との記事がワシントン・ポスト紙に掲載されるが……。