ウィッチ・ハンターの末裔として生きる戦士コールダー(ヴィン・ディーゼル)は、800年前、クイーン・ウィッチを倒した時に不死の呪いをかけられ、愛する妻や娘たちと永遠に離れ離れになってしまう。以降、現代に至るまでこの世に生き残る唯一のウィッチ・ハンターとして、邪悪な魔女たちを倒し続けてきた。そんな彼を、ドーランと呼ばれる神父が歴代の相棒として見守っていたが、ある日、36代目のドーラン(マイケル・ケイン)が何者かに殺害されてしまう。37代目ドーラン(イライジャ・ウッド)と共に捜査に乗り出したコールダーは、大昔に殺したはずのクイーンが関与していることを知る。クイーンの復活は、人類の存続を脅かすような大きな戦いへと発展。人類を守るため、コールダーは再びクイーンとの最終決戦に挑んでゆくが……。