対バイオテロ組織BSAAのクリス・レッドフィールドは、ある情報を手がかりに、武器密売組織が拠点にしている謎の洋館に突入。その最中に国際指名手配犯グレン・アリアスと対峙したものの、信じがたい光景を目にしたクリスは彼を取り逃してしまう。一方、かつてラクーン市警の特殊部隊S.T.A.R.S.の一員だったレベッカ・チェンバースは、今では大学教授として死者が甦り凶暴化するという不可解な事件の調査にあたっていた。そして新型ウィルスの関与を突き止め治療薬の開発に成功するが、その直後に研究所が襲撃され、危ないところをクリスたちに救出される。クリスとレベッカは新型ウィルスが関わる事件をよく知るアメリカ大統領直轄のエージェント組織DSO所属のレオン・Ｓ・ケネディのもとへ協力を求めに向かう。アリアスの真の目的がバイオテロだと掴んだ一行は、計画を阻止すべく彼を追う。