ロンドンの孤児院で暮らす少年ピーター（リーヴァイ・ミラー）は、ある日、地下室で古い手紙を見つける。「ピーター、愛しているわ。別の世界で必ず会えると約束する」と書かれたその手紙は、運命によって赤ん坊のピーターから引き離された若き母（アマンダ・サイフリッド）が残したものだった。母に会いたい想いを募らせたピーターは、ある夜、現れた空飛ぶ海賊船にさらわれ、ネバーランドへと旅立つ。そこは夢のようにカラフルな世界だったが、冷酷な海賊・黒ひげ（ヒュー・ジャックマン）が支配する世界だった。ピーターは自身も知らない出生の秘密のため、黒ひげから命を狙われる身となる。絶体絶命のピーターは、自由を求める陽気な若者フック（ギャレット・ヘドランド）や、この地の民たちのプリンセスで、黒ひげの脅威と戦うタイガー・リリー（ルーニー・マーラ）と出会う。タイガー・リリーは、ピーターが探す母の手がかりを知っていた。彼らは黒ひげ率いる海賊たちの追撃をかわし、共に困難を乗り越えていく。ピーターは母に会うことができるのか？ そしてネバーランドの運命を握る、ピーターの出生の秘密とは？