指輪を捨てるため滅びの山を目指すフロド（イライジャ・ウッド）とサム（ショーン・アスティン）。だが彼らを道案内するゴラム（アンディ・サーキス）は、二人の仲を裂こうと目論んでいた。ゴラムの策略でフロドはサムを疑い始め、彼らは別の道を行くことになる。一方、冥王サウロンの軍が、人間の国ゴンドールに襲いかかる。ここが陥落すれば中つ国も滅んでしまう。旅の仲間はもちろん、ローハンの人々も、長らく国交が途絶えていたゴンドールを救うために立ち上がった。ガンダルフ（イアン・マッケラン）の必死の指揮にもかかわらず劣勢が続くが、そこに海賊船を奪ったアラゴルン（ヴィゴ・モーテンセン）率いる亡霊の大軍が現われて驚くべき力を発揮し、多くの犠牲を出しながらもゴンドールは勝利する。その頃、サムは巨大蜘蛛に襲われていたフロドのもとに駆け付け、彼らの信頼は戻った。しかしサウロンはたちまち兵を補強。アラゴルンは、フロドを少しでも助けようと、サウロンの目をそらすためにモルドールの黒門へ攻め込むことを決意する。まもなく、フロドとサムは滅びの山に辿り着いた。指輪を奪おうとしたゴラムがフロドに飛び掛かるが、結局、指輪はゴラムと共に火の中へ落ちていく。するとモルドールは滅び、皆は無事帰還することに。アラゴルンは中つ国の王となり、アルウェン（リヴ・タイラー）を妃に迎える。ホビット庄に帰ったフロドは旅の体験を『指輪物語』として執筆し始めるが、やがて書きかけのそれをサムに託して、再びガンダルフらと共に旅立っていくのだった。