長年子どもを授からないことに悩んでいたパン屋の夫婦(ジェームズ・コーデン、エミリー・ブラント)は、その原因が魔女の呪いにあったことを知る。ある日、突然訪ねてきた魔女(メリル・ストリープ)から「呪いを解くためには、森に入って〈白い牛、赤い頭巾、黄色い毛、金のように輝く靴〉を集めることが必要だ」と聞かされた二人は、子どもを授かるという“願い(wish)”を叶えたい一心で森の奥へと出かけていくのだった。時を同じくして、おとぎ話の主人公たちも、それぞれの“願い(wish)”を持って森へと入っていく。赤ずきん(リラ・クロフォード)は、オオカミ(ジョニー・デップ)に狙われていることにも気付かずに、楽しいことを探しながら森に住むおばあさんのお見舞いへ、ジャック(ダニエル・ハットルストーン)はお金持ちになることを夢見ながら牛を売りに出かけ、シンデレラ(アナ・ケンドリク)は母の眠る森のお墓の前で舞踏会に行きたいと祈り、そしてラプンツェル(マッケンジー・マウジー)は魔女によって森の中の塔に閉じ込められながらも、いつか自由の身になることを願っていた。そんな彼らとパン屋の夫婦が森の中で出会い、それぞれの運命が少しずつ変わっていく……。